18 Juni 2021, SMAN 2 Bondowoso melaksanakan pembagian rapor tahun ajaran 2020/2021 dengan memenggunakan fasilitas Zoom Meeting dari kelas masing-masing demi tetap melaksanakan protokol kesehatan. Petugas satgas Covid19 SMAN 2 Bondowoso melakukan pengecekan suhu serta menghimbau seluruh wali murid untuk menggunakan masker dan cuci tangan sebelum memasuki lingkungan sekolah.
2 Mei 2021, Hari Pendidikan Nasional yang dirayakan secara terbatas dengan protokol kesehatan ketat. SMAN 2 Bondowoso menyelenggarakan upacara peringatan Hari Pendidikan Nasional 2021 di lapangan serbaguna SMAN 2 Bondowoso. Upacara dihadiri siswa dan karyawan dengan menggunakan baju tradisional dan dengan menggunakan masker serta dengan jarak yang ditentukan. Peringatan Hari Pendidikan Nasional tahun ini dibacakan pidato Menteri Pendidikan Republik Indonesia. Tema hari Pendidikan Nasional tahun ini adalah Serempak Bergerak, Wujudkan Merdeka Belajar.